随着大规模队列研究和医学的发展，蛋白组学正在从以往的小规模探索研究，逐渐迈向高通量、标准化的数据生产阶段。在这一转变过程中，技术评价的指标也在发生变化——除了检测深度，数据稳定性、实验重复性以及跨平台一致性，正在成为衡量蛋白组学技术成熟度和应用潜力的重要标准。
近期，来自 Thermo Fisher、Discovery Life Sciences、Bio21 Institute 以及 Max Planck Institute 等多家国际研究机构的测试结果显示，在不同质谱平台和实验条件下，ProteonanoTM 蛋白组方案均能够稳定获得高深度且具有良好重复性的蛋白组数据。这些来自多机构、多平台的实验结果，为评估该技术在临床，科研场景中的应用潜力提供了重要参考。
01 Thermo Fisher
Thermo Fisher Scientific 是全球TOP的生命科学与分析仪器公司，其 Orbitrap 系列质谱平台被应用于蛋白组学研究、临床研究及药物研发。作为全球质谱技术的重要推动者，Thermo Fisher 的平台在高分辨率蛋白组学分析中具有影响力。
深度与重复性兼顾
在 Thermo Fisher 平台测试中，研究人员使用 40 μL 人血浆（未过滤）样本（n=3），通过 ProteonanoTM Plasma Kit（纳米探针富集）进行富集处理，并进行 DIA 数据采集。
实验条件
40 μL human plasma（未过滤）
ProteonanoTM Plasma Kit（纳米探针富集）
500 ng 进样
Orbitrap Eclipse
DIA 数据分析（Spectronaut）
单次实验可鉴定约 3400 个蛋白，鉴定量较Neat提升了10倍，同时获得稳定的肽段产率（约 3–4 μg）。这一结果表明，在较小起始样本量条件下，ProteonanoTM 仍然能够提供较高的蛋白组覆盖深度。
进一步分析色谱结果可以发现：不同重复样本之间的色谱表现高度一致，说明该方法在实验流程和富集步骤上具有良好的稳定性。
方法稳定性验证：不同质谱平台表现高度一致
实验条件
Vanquish Neo UHPLC system
Orbitrap Astral Zoom
EASY-Spray PepMap Neo UHPLC C18 柱（75 μm × 50 cm）
500 ng 上机量
在 Astral 平台高通量条件下，ProteonanoTM Plasma peoteome Enrichment kit 在血浆蛋白组检测深度上明显提升。相比未富集血浆鉴定 682 个蛋白和 5206 条多肽，ProteonanoTM 可检测 4046 个蛋白和 37052 条多肽，整体表现优于其他商业化试剂盒（德国PreOmics公司）。
在定量稳定性方面，ProteonanoTM 获得 86.2% 的蛋白组 CV ≤20%，64.1% 的蛋白组 CV ≤10%，高于其他商业化试剂盒（德国PreOmics公司），表明其在血浆蛋白组分析中能够同时实现 更高检测深度和更稳定的数据质量。
在翻译后修饰（PTMs）检测方面，ProteonanoTM 的结果符合典型蛋白组学实验特征：Carbamidomethylation（C）为主要修饰（14,787），同时检测到适量 Oxidation（M） 和少量 N-term Acetylation、Phosphorylation。
相比之下，Others 中 Oxidation（M）异常升高（18,742）并高于 Carbamidomethylation（3,507），这一分布不符合常见 PTM 规律，提示可能存在非特异性氧化或样本处理异常。
02 Discovery Life Science
Discovery Life Sciences 是全球有名的生物样本与多组学服务提供商，在蛋白组学、生物标志物发现及临床转化研究领域拥有丰富经验。公司同时提供多种蛋白组学平台服务，包括 Olink、Seer Proteograph 等前沿技术平台，为全球药企和科研机构提供多组学数据支持，在行业内具有较高的技术认可度。
实验条件
40 μL 血浆
Orbitrap Astral
DIA, 2Th, 300 windows (380-980m/z)-DIA-NN
30 SPD
在 40 μL 起始样本量、手动操作条件下，12 个血浆样本平均可鉴定 约6000+蛋白、7万+多肽，高于未富集对照。
同时，蛋白丰度覆盖范围广，检测结果从高丰度蛋白延伸至低丰度区域，说明该方法能够在保持通量的同时实现深度且稳定的血浆蛋白组覆盖，适用于真实临床队列研究。
03 Bio21 Institute
Bio21 Institute 隶属于 University of Melbourne，是澳大利亚重要的生物医学研究中心之一，在蛋白组学、系统生物学及医学研究方面具有深厚积累。其质谱平台长期支持多项国际合作研究，在复杂样本蛋白组分析与生物标志物研究中具有重要影响力。
在 Orbitrap Astral（depth）策略下，研究者使用 Spectronaut 搜库，15 例样本共鉴定到 5934 种蛋白；而同平台下“Neat” 697 种。
转移 vs 健康有 146 个蛋白升高；而这 146 个蛋白里，“Neat”检测到 9 个。更关键的是：这些差异蛋白的 Top 10 变化幅度达到 29–77 倍，其中 **ADH1C（77×）、ADH1B（45×）、CPS1（44×）**都位列top变化之一。
04 Max Planck Institute
Max Planck Institute for Biology of Ageing 隶属于德国 Max Planck Society，是全球TOP的基础生命科学研究机构之一。研究所长期开展衰老生物学与蛋白组学相关研究，并配备先进的质谱分析平台，其研究成果在国际生命科学领域具有影响力。
在 Max Planck Institute for Biology of Ageing 的实验中，研究人员测试了 ProteonanoTM EV Enrichment Kit。
实验条件
5–40 μL plasma
EV1109 Performance Column (Evosep)
Bruker timsTOF HT
diaPASEF 采集
60 SPD
在 EV 富集血浆样本中，ProteonanoTM EV Enrichment Kit 在不同血浆用量（5–40 μL）下均可稳定获得约3000+定量蛋白，高于未富集血浆（约470个蛋白）。
不同血浆用量样本之间的 Pearson 相关性接近 0.9–1.0，显示出良好的数据重复性。同时，检测到的 3315 个蛋白中有 2341 个与已知 EV 蛋白重叠，说明该方法能够有效富集 EV 蛋白并获得高质量的蛋白组数据。
从多家机构的测试结果可以看到，ProteonanoTM 在不同平台和应用场景中均展现出稳定且深度的蛋白组学表现。
ProteonanoTM 在不同质谱平台和实验条件下均表现出稳定且高深度的蛋白组检测能力。例如，在 Astral 高通量条件下可检测 4000+ 蛋白、3.7万+ 多肽，并实现 86.2% 蛋白 CV≤20% 的稳定定量；在 Discovery Life Sciences 的测试中，血浆样本平均可鉴定 6000+ 蛋白、7万+ 多肽；在 EV 富集实验中，即使 5–40 μL 的血浆输入量也能稳定获得 3000+ 定量蛋白。
ProteonanoTM HT Assay 通过标准化前处理流程、自动化设备平台与高通量质谱分析的协同设计，构建稳定且可重复的蛋白组数据生产体系。在保证检测深度的同时，实现一致、可靠的数据表现，为大规模蛋白组研究提供坚实的数据基础。
